Los
investigadores de UT Austin esperan que su modelo informático de COVID-19 pueda
ayudar a otros científicos a desarrollar nuevos medicamentos contra el virus.
Crédito de la imagen: CDC en UNSPLAS
Investigadores de la Universidad de Texas en Austin
y el Centro de Computación Avanzada de Texas (TACC) han dado los primeros pasos
para simular un modelo de todos los átomos de la envoltura externa del virus
SARS-CoV-2. Se espera que este modelo dé una idea de cómo el virus infecta
el cuerpo hasta el nivel molecular y atómico.
Con un estimado de 200 millones de átomos en este
modelo, todas cuyas interacciones interatómicas necesitan ser calculadas, esta
es una tarea excepcionalmente desalentadora. Pero el líder del proyecto,
el Dr. Rommie Amaro de UC San Diego, cuenta con la ayuda de Frontera, una de
las supercomputadoras más poderosas del mundo alojada en TACC.
Tampoco es nueva en tales hazañas, ya que realizó
una simulación de todos los átomos de la envoltura del virus de la influenza a
principios de este año en un artículo publicado en ACS Central Science , que ayudó a
identificar un mecanismo de unión de sustrato potencialmente nuevo
Hablando en un comunicado de
prensa de TACC, Amaro explica cómo y por
qué estos modelos pueden ser importantes. “Estas simulaciones nos darán
nuevas ideas sobre las diferentes partes del coronavirus que se requieren para
la infectividad. Y por qué nos importa eso es porque si podemos entender
estas características diferentes, los científicos tienen una mejor oportunidad
de diseñar nuevos medicamentos; para entender cómo funcionan los
medicamentos actuales y las posibles combinaciones de medicamentos".
Esto es particularmente importante ya que los
investigadores de todo el mundo se esfuerzan por probar los medicamentos
antivirales actuales para ayudar a tratar a los pacientes con COVID-19.
Su equipo utilizó simulaciones de dinámica
molecular utilizando el código NAMD para modelar primero los componentes
individuales del coronavirus y garantizar que cada uno de estos componentes sea
estable en el modelo. "Entonces podemos introducirlos en las
simulaciones de envoltura más grandes con moléculas vecinas", dijo
Amaro.
Se espera que los mismos principios detrás del modelo de todos los
átomos del virus de la influenza (izquierda) se apliquen a COVID-19 (derecha).
Crédito
de imagen: Lorenzo Casalino, TACC.
Amaro se enorgullece de lo rápido que
su equipo logró que su modelo COVID-19 despegara. Su modelo de influenza
tardó más de un año en construirse y ejecutarse en una
supercomputadora. En contraste, el modelo COVID-19 solo ha tomado varias
semanas, en parte ayudado por su experiencia con el modelo de influenza. “Para
la influenza, utilizamos la supercomputadora Blue Waters, que en cierto modo
fue la predecesora de Frontera. Sin embargo, el trabajo con el coronavirus
obviamente avanza a un ritmo mucho, mucho más rápido. Esto está
habilitado, en parte debido al trabajo que hicimos en Blue Waters anteriormente”.
Este artículo fue corregido el
26 de marzo de 2020 para corregir la afiliación del Dr. Amaro a UC San
Diego.
– Publicado el 25
de marzo de 2020
Traducción
libre de Soca
